Por tanto, el agua subterránea que alimenta y satura acuíferos, que a su vez alimentan manantiales y ríos cuando no lluve, resulta de restarle a la que llueve, la escorrentía y la evaporación. La diferencia es, entonces, el agua disponible en pozos y acuíferos que, como se verá, supone la alimentación de manantiales y ríos cuando no llueve. La zona de incorporación del agua desde la superficie del suelo en contacto con la atmósfera hasta la parte superior del acuífero y del pozo se describe bastante bien apoyándose en las tres subzonas:
Sin embargo, hay acuíferos que no se recargan. Se llaman acuíferos fósiles y se forman cuando el clima de una región se ha vuelto más árido, de manera que ya no hay lluvia que los recargue. En Libia y en California hay acuíferos de este tipo, y es muy peligroso depender de ellos porque, cuando se agotan, la región se queda sin agua; si la población crece, el problema puede ser difícil de resolver, tal y como se verá en el capítulo 7.
Como se irá viendo, la sobreexplotación y contaminación de los acuíferos suponen importantes impactos y riesgos, tanto para la cantidad como para la calidad del agua. Por eso urge la gestión de forma sostenible del agua de los acuíferos, para lo cual es esencial equilibrar las extracciones de agua con la capacidad de recarga del acuífero.
Por ejemplo, pensemos en una zona de cultivo de regadío. Durante el invierno hay lluvia abundante, que no es utilizada por las plantas, ya que no están creciendo y no transpiran. Como hemos visto, parte de esta agua de la lluvia escurre por la superficie y parte se infiltra en el suelo, almacenándose en el suelo y en el acuífero. Conociendo la cantidad que se almacena cada año en el acuífero, podremos extraerla mediante bombeo para riego en el verano, porque al invierno siguiente se volverá a recargar el acuífero hasta su nivel original, al almacenarse de nuevo el agua. De esta forma hay siempre agua disponible en el acuífero para cuando hace falta (época de riego), sin que se agote el acuífero o se creen problemas de sobreexplotación del agua. Ahora bien, si durante el verano extraemos demasiada cantidad de agua y la lluvia no es capaz de reponerla en el invierno, cada vez bajará más el nivel freático, el acuífero se agotará y lo estaremos gestionando de una forma no sostenible. Por eso es importante tener presentes estos conceptos al abordar la eficiencia y el ahorro de las aguas azules de riego agrícola.
Otro impacto ambiental cada vez más frecuente sobre los acuíferos es su contaminación, que no afecta a la cantidad del agua pero sí altera de forma significativa y frecuente su calidad.